您可以使用非处方洗发水或处方药治疗头皮真菌。一些头皮真菌的处方药是外用的，而另一些是口服的。你也可以考虑在你的头皮上使用可的松霜来缓解瘙痒。如果你去看医生治疗你的头皮真菌，医生可能会先尝试确定你的真菌类型，然后再决定他应该开什么样的处方或推荐什么样的治疗方法。根据感染的严重程度，可能不需要处方药物。
头皮上有两种非常常见的真菌。第一种是头癣，也称为头皮癣。尽管这个名字暗示头皮上确实存在寄生虫，但它实际上只是一种真菌。卵形圆孢菌(Pityrosporum ovale，简称P. ovale)是许多人头皮上的另一种真菌。与头癣不同，在头皮上发现少量卵形疟原虫是正常的。这种真菌只有在过度生长时才会产生问题，从而导致过度瘙痒和剥落。
医生应该能够诊断出特定类型的头皮真菌你有使用一种治疗灯。这是一种设备，使用过滤过的紫外线使头皮上的真菌区域发出明亮的蓝色，这样它们就很容易被发现。医生应该能够在显微镜下进行培养和检查真菌的区域，以正确诊断你的头皮真菌感染类型。当医生知道你有哪种真菌后，他可以开处方或推荐药物治疗。
如果你得了头癣，医生可能会给你开一种叫做灰黄霉素的口服药物，这种药物可以防止真菌内部的细胞分裂。随着时间的推移，这可以防止真菌的传播。你可能还会被建议使用含有硫化硒的非处方洗发水，硫化硒是大多数头皮屑洗发水的常见成分。如果医生确定你患有卵形疟原虫，他可能不会给你开任何药物，因为这种真菌通常很容易治疗。在大多数情况下，非处方头皮屑洗发水可以有效地去除卵圆菌。