鱼油通常被认为是非常有益的，但这并不意味着它们在某些情况下没有风险。鲑鱼油是由鲑的基本脂肪提炼而成的，鲑鱼是一种冷水鱼，自然含有大量的omega-3脂肪酸。这种油可以通过食用鲑鱼肉或服用鲑鱼油膳食补充剂被人体吸收。一般认为，适量服用对大多数人来说是安全的。但是，如果过量，它会引起麻烦，而且它的副作用对于有某些医疗问题的人更明显，特别是血液状况、心脏不规则和糖尿病。
直接吃三文鱼很少有副作用。大多数情况下，服用营养补充剂会产生副作用。在补充剂中，油是从鲑鱼的脂肪酸中提取出来的，并被包装成胶囊。任何一种胶囊的含油量都因生产商而异，但大多数情况下，一到两种胶囊的含油量与一般三文鱼肉的含油量差不多。
当一个人经历来自鱼油的副作用时，通常是因为鱼油被孤立地消耗，而不是其他任何东西。最常见的三文鱼油副作用是胃部不适和短暂的恶心，有时还伴有肠胃胀气。在服用鲑鱼油胶囊时，吃饼干或少量食物可能有助于预防这种不适。
欧米伽-3脂肪酸被称为“健康脂肪”，但是大量摄入它们可能是有害的。特别是，omega-3脂肪酸被证明在大量摄入时会引起不规则出血。鲑鱼油含有高浓度的omega-3脂肪酸，长时间服用大剂量的omega-3脂肪酸会导致内出血和中风。
大多数政府机构都没有对营养补充剂进行监管，这意味着很少有推荐的每日剂量或设定可接受的使用水平的补充剂，如鲑鱼油。然而，大多数营养补充剂生产商在产品上都有推荐的剂量，应该遵循这些剂量，以避免过量食用。虽然有大量的国际数据支持每天食用一些鱼或鲑鱼油的好处，但没有证据表明大量食用比少量食用更好。
在其他情况下，还会出现更多不常见的三文鱼油副作用。有血液问题的人应该在开始定期服用鱼油前咨询医疗专家，以避免静脉发炎或增加不规则出血的风险。有心脏病史和糖尿病史的人也常常有特殊的副作用。鲑鱼油中的一些化合物也被发现与一些处方药相互作用，尤其是降低胆固醇的药物和某些类固醇治疗药物。医学专业人员或药剂师将能够回答与药物有关的大麻哈鱼油副作用的具体问题。
虽然在鲑鱼油中并不常见，但汞中毒是鱼油的一种罕见但严重的副作用。鲑鱼本身汞含量不高，但其他鱼类——尤其是金枪鱼和鲭鱼——汞含量通常很高。大量摄入汞会导致非常严重的健康问题。实际上，由多种鱼油混合而成的三文鱼油，其汞相关副作用的风险最大。