并发症是所有手术都难以完全避免的，熟练掌握并发症及临床处理方法，才能使医生非常专业地处理出现的不良反应，从而使损害降到最低，最终帮助患者和医生达到双方都满意的预期效果。
而毛发移植术后的并发症，是指在毛发移植手术后，患者因手术因素发生了与植发手术有关的另一种或几种症状或疾病。不过，求美者也不必太过担心。当今毛发移植术是一项安全成熟的手术项目，与其他美容整形手术相比，其并发症发生率低，手术相对安全。特别是FUE植发，由于损伤较小，术后并发症更少。
目前国内的植发技术现已达到非常成熟的技术水平。首先，随着毛发移植手术方法不断改进，技术水平也得以大幅度的提升，效果更接近自然，植发效果得到肯定；其次，毛发移植手术方法的不断改进，使毛囊移植单位由大到小，手术创伤也逐渐向微创发展，大幅度减少了术后并发症，不良反应越来越轻，成为众多求美者轻松接受的一项手术，所以说毛发移植术后并发症发生率是非常低的。
首先，植发术后由于影响了毛囊的血液循环、可导致新移植的毛囊进入退行期和休止期并脱落。随着毛囊周围的微循环的再次建立，毛囊会重新再生长；其次，新移植的头发移植在术后2-3周出现暂时的脱发；最后，由于打孔时损伤到头皮的毛细血管，影响了血液循环，原有毛发也会脱落。这种现象是必然。如果患者受区原本的毛发较多或者要求的种植密度大，那么这种脱发会更明显、更严重。”
一般来说，新移植的毛囊一般在术后2-3周进入退行期和休止期，开始逐渐脱落；术后2个月左右，移植的毛干大部分都已脱落，仅存留毛囊在头皮内；术后3个月左右，新移植的毛囊又会逐渐的、重新长出新头发；术后半年，大约会有80%的新发会长出来；术后9到12个月，新移植的毛囊，基本都能生长出新头发。
总之，要提高患者术后的效果，植发后饮食上以清淡类的食物为主，不要吃海鲜等产品，以免引起过敏等情况。植发后第5天开始洗头，洗头的时候使用温水，不要用太大的力气揉搓种植区域。术后要养成良好的作息时间，不要长时间熬夜，以免影响头发的健康生长。