鱼油补充剂，尤其是大剂量食用时，可能会产生副作用。它们通常相当轻微，通常是由于您的身体未使用来处理脂肪鱼油或omega-3胶囊中的特定成分(例如明胶)而发生的。
鱼油补充剂最常见的副作用是“鱼腥味”和消化不良，可引起腹胀，不适，腹泻，抽筋，胃灼热和恶心。由于鱼油来自天然海洋资源，因此如果没有鱼腥味，就不可能摄取omega-3鱼油。即使素食主义者的omega-3补充剂都是由海产品制成的，例如海藻或藻类。
大剂量服用omega-3可能会降低免疫系统的功能。人们还认为，通过防止凝血可以增加出血的风险。但是，根据2018年《循环杂志》的研究，情况可能并非如此。无论如何，可能导致这些罕见副作用的剂量非常高，除非医生建议，否则无需服用。
鱼油补充剂的制造会对您的感受产生影响。成分的多样性会影响副作用的严重程度，胶囊中的特定成分甚至可能是原因。例如，明胶胶囊与上消化道症状有关，例如打和胃部不适。但是，其他类型的鱼油丸(例如定时释放胶囊)与下消化道症状(如腹泻和胃痉挛)相关。
如果鱼油补充剂给您带来打或胃灼热等副作用，请尝试切换药丸类型。减少胃肠道副作用的其他方法包括将鱼油胶囊保存在冰箱中，随餐服用或在睡觉前服用，以减少它们的症状。如果您无法找到副作用的解决方案，请不要担心它们不会对您的健康产生任何负面的长期影响，在您停止服用药后应消失。
但是，如果您服用其他药物，请咨询医生以服用鱼油补充剂是否可以。根据梅奥诊所的说法，鱼油可能会与抗凝药和抗血小板药，血压药，避孕药和某些减肥药(例如奥利司他)发生相互作用。