怀孕期间服用鱼油有积极和消极的作用。安全问题通常与鱼类中的汞或视黄醇含量有关。这些物质可以从实际的鱼类中转化为鱼油补充剂，并且在孕妇服用时会影响胎儿的健康。在某些情况下，鱼油补充剂几乎不含或不含视黄醇，但希望女性可以仔细阅读标签或与制造商联系，以找出特定产品的总汞含量。
鱼油是omega-3脂肪酸的丰富来源。脂肪酸通常在食物中消耗，但研究人员发现许多人体内的omega-6脂肪酸含量高于omega-3。这两者之间需要取得平衡，以实现最佳收益。专家倾向于支持在怀孕期间服用鱼油，以实现更均衡的饮食。
根据美国国立卫生研究院(NIH)的数据，西方饮食通常含有15比1的omega-6与omega-3脂肪酸。当该比率降低至建议水平时，对健康的益处(如降低死亡率)将增加70%。增加omega-3的摄入量达到4比1的比例足以降低死亡风险。对于孕妇来说，要获得omega-3脂肪酸的益处，可能需要寻找来源于鱼体而不是鱼肝的鱼油。
鱼肝油含有视黄醇，这是维生素A的一种形式。在怀孕期间应避免补充维生素A。产前维生素通常含有8,000 IU，这是通常所需的水平。当将肝鱼油与产前维生素一起食用时，可能会增加类维生素A胚胎病的风险。
类维生素A胚胎病是一种综合征，可能导致胎儿的耳朵，面部和心脏变形。这种情况也可能会损害甲状腺功能。怀孕时维生素A的毒性通常与视黄醇无关，而仅与视黄醇有关，因此必须注意避免这种情况。
鱼油补充剂中的汞含量往往低于鲜鱼。原因之一可能是在将鱼油放入胶囊之前，可以对其进行清洁以降低其含量。希望在怀孕期间食用鱼油的妇女应仔细阅读成分标签。汞含量低的鱼(如沙丁鱼，罗非鱼和an鱼)通常导致鱼油含量低。
食用鲜鱼时，人体倾向于在怀孕期间更好地吸收鱼油。但是，美国怀孕协会(APA)建议孕妇每周吃不超过12盎司(约340克)的鱼。APA还建议由于高汞含量而在怀孕期间不宜食用的鱼，如方鱼，旗鱼和鲨鱼。出于此原因，应避免的其他鱼类包括石斑鱼，马林鱼和橙鱼。