营养不良会对健康产生一系列重大影响，从骨质疏松到心脏病发作和中风的风险增加。下层社会的人尤其有营养不良的风险，因为他们可能无法获得新鲜水果、蔬菜和全谷物等食物，这使他们更难获得适当的营养。摄入的热量可能远远超过推荐的每日热量分配，但仍然得不到必要的营养，这在人们可能严重依赖高脂肪、低营养食物的地区尤其令人担忧。
营养不良的健康并发症包括身体疾病、心理问题和认知问题。在身体上，没有得到正确的营养搭配会导致骨密度下降，高血压，高胆固醇，以及痛风，肾结石和胆结石，这些都是由于饮食不平衡而产生的矿物质沉积。营养不良的病人更容易肥胖，而且比饮食健康的人更容易出现蛀牙、骨折和肌肉拉伤等问题。饥饿也可能与肥胖有关，因为患者可能会渴望从日常饮食中得不到的营养，同时由于高热量摄入而体重增加。
从心理上来说，营养不良与抑郁和焦虑有关。有些患者的饮食失调会导致他们吃得不好，并产生累积的心理效应，来自饮食失调的反馈会导致抑郁和焦虑，而营养不良则会加剧这种症状。进食障碍还会导致严重的生理问题，如神经性贪食症引起的呕吐对食道的损害，或神经性厌食症引起的长期心脏并发症。
营养不良对认知的影响也值得关注，尤其是对幼儿。没有得到适当营养的婴儿和儿童会经历认知延迟，在同龄人中处于不利地位。他们可能难以获得技能和知识，也可能有神经问题，如精细运动控制能力差或行走困难。在成年人中，缺乏良好的营养可能与记忆丧失和其他认知并发症有关。这种损害可能是永久性的。
营养不良还与许多慢性病有关，如糖尿病。病人可能因为没有得到足够的营养而生病，或者因为吃得不好而病情恶化。不良的饮食习惯也可能增加急性疾病、手术和受伤的恢复时间。例如，骨折患者在获得足够的钙和身体重建骨骼所需的其他营养时，愈合得更快、更均匀。