毛囊炎的治疗包括家庭治疗、非处方药物治疗和某些情况下的药物治疗。毛囊炎的特征是发炎的毛囊可能会痒或刺痛。治疗既有助于减轻症状，又能治疗潜在的感染，清除皮肤上受刺激的红肿。
对于轻微的病例，家庭治疗通常是有效的。每天用抗菌肥皂清洗感染区域有助于保持感染区域的清洁，同时也能对抗皮肤下导致肿块的细菌。在患处敷上温的湿敷布5到10分钟，可以帮助缓解瘙痒和疼痛。用1汤匙白醋和1-1/3杯水(14毫升醋和240毫升水)制成的发膜效果特别好。
非处方抗菌乳膏和软膏对轻度毛囊炎也有效。每天涂抹一种乳霜，如杆菌肽，有助于杀死感染毛囊的细菌。含有聚维酮碘的杀菌洗液也能抗菌，防止感染扩散。含硒的洗发水可以治疗头皮或胡须部位的毛囊炎。
受毛囊炎影响的剃须区域会进一步刺激毛囊，使情况变得更糟。如果该区域必须剃须，重要的是用温水和肥皂或敏感皮肤专用的剃须膏轻轻按摩该区域。每次刮毛囊炎部位时使用新的刀片有助于防止感染扩散或恶化。用无香味的乳液滋润干燥的皮肤可以帮助缓解毛囊炎和防止复发。
如果感染很深或很严重，或者在家治疗不能消除，那么治疗毛囊炎是必要的。医生或皮肤科医生可以评估病情及其原因，以确定最可能清除感染的治疗方法。由细菌感染引起的毛囊炎患者可能需要口服抗生素。处方强度的抗生素药膏可以帮助清理中度病例。抗真菌药物是由皮肤真菌感染引起的。
外用或口服皮质激素是治疗毛囊炎，以帮助减少肿胀和刺激。皮质类固醇治疗通常用于对其他药物没有反应的严重毛囊炎病例。患者应严格按照医生的指示使用这些药物，并在10天内停止使用。