维生素B6缺乏是由于这种维生素在体内被疾病、药物或异常快速的新陈代谢吸收。维生素B6在人体内以吡哆醇、吡哆醇和吡哆胺的形式存在。这是它的三种自然形态，被人体转化为具有生物活性。它也存在于植物和动物的食物中，是某些氨基酸、脂类和碳水化合物代谢的辅助因子。维生素B6对核酸的生物合成也至关重要。
维生素B6缺乏是罕见的，因为它存在于许多食物中。特别富含维生素B6的食物包括小麦、酵母、大豆、葵花籽和核桃。当食物被烹饪时，一些维生素B6会被杀死。治疗维生素B6缺乏应该包括食用额外的这些食物。口服维生素B6胶囊也是一种治疗选择。然而，最好的治疗方法是治疗这种缺陷的原因。
抑郁的人经常会出现维生素B6缺乏的症状，因为这种维生素对情绪紊乱有很大的调节作用。维生素B1-B5也会影响情绪和精神健康，患有抑郁症或类似病症的患者应该补充维生素。此外，服用避孕药或雌激素的女性通常缺乏维生素B6。维生素B6常用于经前综合症(PMS)，但应仅小剂量服用。
青霉素、异烟肼和氢丙嗪等药物与体内的磷酸吡哆醛相互作用，导致维生素B6缺乏。一种多神经病，或神经系统问题发生时，几个周边神经在同一时间停止功能，可以发生后，大剂量的维生素B6长期服用。维生素B6缺乏的其他症状包括贫血、癫痫、虚弱、失眠、好斗和精神错乱。很少有维生素B6缺乏的儿童或新陈代谢极快的婴儿会出现这种问题，而幼儿缺乏维生素B6最常见的症状是癫痫。虽然没有单一的测试方法可以测量维生素B6的水平，但测量磷酸吡哆醛是测试体内维生素B6最简单的方法。
服用额外的吡哆醇通常可以纠正维生素B6的缺乏。由于新陈代谢过快而缺乏维生素的患者应服用更多的吡哆醇。在体内建立适当的维生素B6水平是一个缓慢的过程，一些患者从未达到推荐的水平。