酮康唑最常见的副作用包括胃痛、抑郁、瘙痒和荨麻疹，这取决于患者服用的药物的形式。酮康唑可作为片剂、乳霜或泡沫、凝胶和洗发水使用。片剂可引起酮康唑的副作用，包括肝损伤、严重过敏反应和抑郁。这种药物的外用形式会引发各种各样的问题，如瘙痒、脱发和痤疮。如果病人出现酮康唑的副作用，且持续存在，且令人烦恼，他或她应与处方医生联系。
这种药物主要用于治疗真菌感染，如脚癣、癣和皮肤酵母菌感染。它也是一种常见的治疗脂溢性皮炎，头皮屑，和太阳真菌。它是一种叫做咪唑的抗真菌药物，通过减缓真菌的生长来发挥作用。不太常见的用途包括治疗前列腺癌、库欣综合征和女性毛发过度生长。
酮康唑片剂的副作用包括胃痛和抑郁症。一些服用这种药物的病人可能会有自杀的想法。很少会发生严重的过敏反应。症状包括呼吸困难、荨麻疹和发痒的皮疹。过敏反应和自杀想法通常是需要立即干预的医疗紧急情况。
服用高剂量酮康唑片剂会产生一系列副作用。它会减少精子的产生。一些接受高剂量这种药物治疗的前列腺癌患者在开始治疗后不久就去世了，不过目前还不清楚这种药物或这种疾病最终是否会致命。酮康唑的其他严重副作用与肝损伤有关，如果患者在服用此药时饮酒，这种风险会增加。
酮康唑片剂通常每日口服一次。在某些情况下，这些药片在服用前可能必须溶解在酸性溶液中。患者通常在感染消失前几周或几个月服用这种药物。如果病人在医生建议之前停止服用酮康唑，感染可能会复发，而且可能不再对药物产生反应。
这种药物的外用形式有乳霜、泡沫、凝胶或洗发水。这些形式中的任何一种都会引起灼烧、瘙痒和刺痛等刺激。乳霜、泡沫或凝胶也会导致痤疮、皮肤干燥和口腔溃疡出血。头晕，眼睛过敏，皮疹与猫充满水泡也有报道。在某些情况下，患者会出现面部肿胀和手指或脚趾甲变色。
酮康唑的洗发水形式可导致脱发，头皮和头发干燥或油性，或改变头发质地。不太常见的洗发水酮康唑副作用包括发烧、荨麻疹和头发变色。一些使用这种洗发水的病人报告说面部肿胀、关节疼痛和头皮脓疱。
服用酮康唑的病人经常由开处方的医生进行监测，以检查是否有严重的副作用。与任何药物一样，患者应告知医生除酮康唑外正在服用的任何其他药物、维生素或补充剂。这种药物可以与多种其他物质相互作用，如抗酸剂、抗组胺剂和其他抗真菌药物。服用此药的患者应避免饮酒和哺乳。