咪康唑洗发液被用来治疗真菌感染。虽然咪康唑被批准用于人和动物，但它在动物身上的使用通常是通过洗发水，而在人身上的使用通常是乳膏。如果使用得当，这种药物洗发水可以有效治疗由毛霉菌属真菌引起的皮肤感染。它通常用于猫狗身上。
许多哺乳动物都可能感染由毛霉菌引起的皮肤感染。在动物中，这种感染最常见的类型是癣，而在人类中，脚癣和运动性瘙痒更为常见。人类通常可以在患处使用含有咪康唑的药膏，但在动物身上，可能更难准确地说出哪些部位受到了影响。因此，用一种可以覆盖全身的咪康唑香波进行治疗是理想的。
当用咪康唑香波治疗动物时，一定要仔细遵循所有的指示。真菌感染很难完全根除，过早停止治疗可能导致感染复发。开处方的兽医会就给动物洗澡的频率给出具体的说明，不过通常是一周洗两次，直到症状消失，然后每周洗一次，持续一段时间。咪康唑洗发液治疗的皮肤感染很容易转移到皮肤的新部位、其他动物或人类身上，因此在给皮肤感染的动物洗发时一定要采取适当的预防措施。
通常洗发水中咪康唑的浓度是2%，这被认为对6周龄的小动物是安全的。这种香波不会伤害给动物洗澡的人。然而，它不被批准用于兽医以外的领域。
咪康唑洗发液如果进入黏膜或被吞食，会对动物造成伤害。当洗发水在动物身上的时候，动物需要被监督，这样它们就不会舔掉洗发水。同样重要的是，不要让洗发水进入它们的眼睛和鼻子，因为它会刺激这些薄膜。不常见的是，咪康唑洗发液可能会引起诸如肿胀、发红或皮疹等不良反应。这些症状应向兽医报告。