柠檬和柠檬汁气味芬芳，颜色鲜亮，维生素C和钾含量高，比任何潜在的健康风险都要高。但使用柠檬汁也有一些潜在的风险——饮用或局部使用柠檬汁治疗痤疮。虽然这些风险相对较小，不会危及生命，但你还是可以重新考虑你经常喝柠檬汁的习惯。
胃灼热和胃食管反流病
胃灼热主要与胃食管反流疾病(GERD)有关，简称胃反流疾病。当你感到胃上部有一种疼痛的灼烧感时，就会发生胃灼热。有了GERD，你可能会感到恶心和饱腹感。因为柠檬汁的酸含量很高，它会进一步刺激你的食道内壁，还会加重其他的食道GERD症状。如果你有溃疡或有溃疡的危险，柠檬汁的刺激也可能是痛苦的，因为它会提高你的胃酸水平。
牙齿的健康
保持牙齿健康、强壮和闪亮需要良好的牙齿护理和富含钙的饮食。但是你的努力可能会被柠檬汁阻碍，因为柠檬汁中的酸会侵蚀牙釉质。1996年发表在《龋齿研究》(Caries Research)杂志上的一项研究发现，柠檬汁的缓慢腐蚀会导致牙齿上出现污渍，增加牙齿的敏感度，如果长时间接触柠檬汁，可能还会导致蛀牙。为了减少蛀牙的风险，将柠檬汁和其他液体或食物混合，不要直接饮用。
增加铁的吸收
根据1987年发表在《英国营养学杂志》上的一项研究，柠檬汁可以增加铁的吸收。在一项对200多名印度妇女进行的研究中，柠檬的柠檬酸和抗坏血酸含量导致了这一现象。这一结论也得到了哈佛大学的支持。由于你的身体排出的铁很少，多余的铁就会储存在你的体内，可能会导致铁中毒。铁中毒症状可引起恶心、呕吐和腹泻，在极端情况下可导致死亡。所有成年人每天可承受的铁摄入量上限为45毫克。
影响氯喹水平
1994年发表在《抗菌化疗杂志》(Journal of anti - bial chemical)上的一项研究发现，与柠檬汁和水混合使用时，氯喹在体内的有效性显著降低。氯喹是一种常用的治疗疟疾的药物，经常被到热带地区旅行的美国人服用，那里的疟疾比美国更令人担忧。这项在健康男性身上进行的研究得出结论，氯喹在对抗疟疾方面的效果可能也会出现类似的下降，因为体内的药物减少了。