免疫系统包括骨髓、胸腺、脾脏、淋巴结和白细胞，具有识别和消除外来入侵者的功能。当免疫系统无法区分外来入侵者和正常健康细胞时，就会导致自身免疫疾病。大约80到100种自身免疫疾病已经被确认，影响了2350万美国人。根据美国自身免疫相关疾病协会，自身免疫疾病被认为是一个主要的健康问题。自身免疫疾病可以影响身体的每一部分，产生各种各样的症状，包括脱发。
斑秃
斑秃是一种由身体免疫系统攻击毛囊引起的自身免疫疾病。当白细胞攻击毛囊时，它们会中断毛发生长，导致小块圆形脱发。根据美国皮肤科学会的数据，斑秃影响了大约2%的美国人口，最常见的是儿童和年轻人。除了头皮脱发之外，斑秃还会导致任何其他头发的脱落，包括睫毛、眉毛和面部头发。这种自身免疫疾病的不可预测性使得它令人沮丧，但是因为毛囊仍然存活，毛发再生可以在任何时候发生，即使是在脱发多年之后。
狼疮
狼疮是一种慢性自身免疫性疾病，影响了大约150万美国人。尽管狼疮的确切原因仍然是个谜，因为狼疮往往发生在家庭内部，但医生知道遗传因素起着一定的作用。那些天生易患狼疮的人需要一个环境触发因素，比如暴露在阳光下，感染，或者激素变化，比如怀孕，来发展这种疾病。
狼疮影响身体的许多不同系统和器官，产生各种各样的症状。常见症状包括疲劳、头痛、关节疼痛、贫血、异常凝血和脱发。因为这些症状出现在许多不同的疾病中，这使得很难获得明确的诊断。
桥本氏病
桥本氏病，也称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎，发生在免疫系统的细胞攻击甲状腺的时候。位于颈部的甲状腺产生激素来调节身体的许多活动。攻击甲状腺的免疫系统会导致腺体发炎，这会干扰其功能，导致甲状腺活动不良。桥本氏病是美国甲状腺功能减退症最常见的原因。
桥本氏病进展缓慢，直到甲状腺激素水平显著下降，症状才会出现。最初的症状包括疲劳和懒散。如果病情得不到治疗，其他症状，如脱发、对寒冷、浮肿的脸、嘶哑的声音、不明原因的体重增加和肌肉疼痛的敏感度会增加。