与药物种植不同的是，头发种植不会带来副作用。然而，患者在进行手术前应该注意一些术后问题。
在头发种植手术后会立即出现轻微的肿胀。在大多数情况下，患者的前额和眼睛周围会肿胀。然而，一些病人也可能在眼睛和前额周围出现轻微的挫伤。一般情况下，大多数病人愈合很快，淤青和肿胀通常在7-10天后消散。
当为了将毛囊单位放置到秃顶区域而创建了微切口时，受体区域就会发红。在头发修复过程中，病人的皮肤变成红色或粉红色是正常的。一般来说，深色皮肤的病人比白皮肤的病人恢复得更快。此外，头皮发红是皮肤轻微炎症的典型表现，这在头发种植后是正常的，但如果患者怀疑他们有皮肤感染，如毛囊炎，应该联系外科医生。
休止期脱发是在压力、创伤或外科手术后发生的一种短期脱发。这种暂时的脱发主要发生在头皮的顶部，但也会扩散到头皮的其他部位。由于头发被种植到离天然头发很近的地方，手术可能导致休止期脱发。
在大多数情况下，所有的头发都会恢复，头发的生命周期也会恢复正常。然而，有些病人并不总是能重新长出所有脱落的头发。因此，如果患者要稳定他们的脱发，使用药物进行辅助恢复是必要的。